Trotz aller Schutzbemühungen ist das Überleben der Pandas in freier Wildbahn noch lange nicht gesichert. Von der chinesischen Regierung, die dem Panda die höchstmögliche Schutzpriorität einräumt, wurden zwar seit 1963 insgesamt 67 spezielle Pandaschutzgebiete geschaffen, aber zum Zeitpunkt der Zählung 2014 lebten trotzdem nur etwa 67 Prozent der Großen Pandas in geschützten Gebieten. Zählt man die Fläche der Reviere aller Pandas zusammen, beträgt der Lebensraum der schwarz-weißen Bären insgesamt 2.577.000 Hektar. Das sind knapp 12 Prozent mehr im Vergleich zu 2003.
Hauptbedrohung für den Großen Panda ist heutzutage die Zerschneidung seines Lebensraums durch Straßen, Bahntrassen, Infrastruktur und landwirtschaftliche Nutzflächen. Durch diese künstlichen Trennungen wird der Austausch zwischen den Populationen und damit auch von Erbgut erschwert. Es droht Inzucht, wodurch die Anfälligkeit für bestimmte Krankheiten steigt. Auch für Jungtiere, die selbstständig werden und ihre Mütter verlassen, werden die Wanderungen in ein eigenes Revier immer gefährlicher. Auf ihrer Suche nach einem geeigneten Gebiet müssen sie Straßen überqueren oder verirren sich in menschliche Siedlungen.
Gefährlich wird es für die Großen Pandas auf ihren Waldinseln auch dann, wenn ihre Nahrungsgrundlage, der Bambus, blüht und anschließend ganz natürlich abstirbt. Dies geschieht je nach Bambusart alle fünfzehn bis 120 Jahre und betrifft alle Pflanzen der Art synchron. Erst viele Monate später treiben sie wieder langsam aus. Wachsen in einem Gebiet wenige oder keine anderen Bambusarten und können die Pandas nicht mehr in andere Gebiete mit Bambus abwandern, droht den Bären der Hungertod.
Obwohl die Pandazahlen insgesamt zunehmen, ist ihr Bestand daher in manchen Regionen rückläufig. Dies betrifft vor allem die kleinsten und am stärksten zerstörten Lebensräume. Rund 220 der Großen Pandas könnten aus solchen Gebieten komplett verschwinden.
Auch die Wilderei stellt für die Pandas immer noch eine Gefahr dar. Zwar werden die Bären aufgrund hoher Strafen kaum noch direkt gejagt, aber sie verletzen sich oder verenden noch immer in Schlingfallen für andere Tiere wie Hirsche und Nager.
Neuere Studien deuten zudem darauf hin, dass der Klimawandel die Pandabestände beeinträchtigen könnte. So prognostizieren Wissenschaftler für die nächsten 80 Jahre einen Rückgang der Bambuswälder um mehr als 35 Prozent. Zum einen könnte sich der Bambus als nicht ausreichend anpassungsfähig herausstellen. Zum anderen könnten durch die günstigeren klimatischen Verhältnisse neue Gebiete für die Land- und Viehwirtschaft erschlossen werden, wodurch die Pandas weiter zurückgedrängt würden.
Inzwischen werden Pandas mit großem Erfolg in Aufzuchtstationen nachgezüchtet. Für die Wiederauswilderung dieser Tiere fehlen allerdings bisher Gebiete, die als Pandahabitat gut geeignet sind, gleichzeitig aber bisher wenige Pandas beherbergen. Durch Auswilderungen in bereits besetzten Gebieten könnten sonst die Sozialstruktur und durch Krankheitsübertragungen auch die Gesundheit bestehender Pandapopulationen in Gefahr gebracht werden.