Bonobos leben hochkomplex organisiert in so genannten Fission-Fusion-Gemeinschaften. Typischerweise gehören dazu rund 30 bis 80 Männchen und Weibchen, die sich regelmäßig in kleinere Gruppen aufteilen und wieder zusammenkommen. Diese Kleingruppen zählen zwischen vier und 23 Bonobos und sind gemischtgeschlechtlich, so dass Männchen und Weibchen das ganze Jahr über zusammen sind. Es wird angenommen, dass fehlende interspezifische Konkurrenz um Nahrung durch Gorillas ein wichtiger Faktor im Laufe der Evolution für die Bildung solch großer Gemeinschaften bei Bonobos gewesen sein könnte. Als die größten Affen in ihrem Verbreitungsgebiet hatten die frühen Bonobos ein besonders reichhaltiges Nahrungsangebot und konnten in großen und stabilen Gruppen umherziehen.
In der Gemeinschaft der Bonobos gibt es eine Rangordnung. Diese ist relativ flexibel und nicht linear. Die ranghöchsten Bonobos sind typischerweise ein so genanntes Alpha-Weibchen und ihr Sohn. Der soziale Status eines Weibchens ist abhängig von starken Bindungen zu anderen Weibchen. Ältere Weibchen sind in der Regel ranghöher als jüngere. Weibchen, die noch keinen Nachwuchs haben, sind zunächst rangniedrig. Der soziale Status der Männchen ist vor allem von dem ihrer Mütter abhängig. Häufig gibt es mehrere in etwa gleichberechtigte Bonobos auf einer Rangebene. Der Rang ist dabei auch situationsabhängig beispielsweise von der Verfügbarkeit der Nahrung oder der Paarungsbereitschaft eines Weibchens. Die Weibchen haben enge Bindungen untereinander, bilden Koalitionen und führen die Gruppen an. Die Männchen hingegen haben keine engen Bindungen untereinander und befinden sich selten in Koalitionen oder ähnlichen Kleingruppenkonstellationen. Die Mütter und andere Weibchen stellen die engsten Verbündeten der Männchen dar.
Bonobos gelten insgesamt als besonders friedlich. Insbesondere Männchen zeigen Weibchen gegenüber nur sehr selten Aggressivität. Ebenso kommt es auch unter Weibchen nur vereinzelt zu Konflikten. Zwischen Männchen gibt es hingegen immer mal wieder aggressives Verhalten, wenn auch in moderater Intensität. Gegenseitige Tötungen sind bei Bonobos nicht bekannt. Eine sehr wichtige Rolle bei der Regulation ihres Soziallebens, der Pflege von Beziehungen und dem Abbau von Spannungen scheinen dabei sexuelle Interaktionen zu spielen, die vollkommen unabhängig vom Zweck der Fortpflanzung sind. Sämtliche Tiere der Gemeinschaft haben mehrmals täglich Sexualkontakte miteinander, unabhängig von Geschlecht, Alter, Verwandtschaft und sozialem Status. Dabei umfasst die Sexualität der Bonobos eine Vielfalt von Praktiken wie verschiedene Stellungen beim Geschlechtsverkehr, Petting, Oralverkehr, Zungenküsse, Selbstbefriedigung usw. Sexuelle Interaktionen sind bei sozialen Spannungen, nach Konflikten und beim Zusammenkommen mehrerer Gruppen der Gemeinschaft besonders häufig zu beobachten. Im Vergleich zwischen gemischtgeschlechtlichen und gleichgeschlechtlichen Sexualkontakten sind insbesondere die zwischen Weibchen am häufigsten. Diese dienen der Pflege ihrer Bindungen untereinander und damit auch der Sicherung ihrer jeweiligen sozialen Stellung.
Weitere Aktivitäten zur Festigung des Zusammenhaltes der Gruppe sind die soziale Körperpflege, das so genannte Grooming und das Spiel miteinander. Bonobos zeigen eine relativ große Toleranz gegenüber anderen Gemeinschaftsmitgliedern. Das friedliche, aggressionsarme Miteinander ist für Bonobos, die in relativ großen Gemeinschaften leben, eine Herausforderung. Wahrscheinlich steht diese Friedfertigkeit im evolutionären Zusammenhang mit der Entwicklung der häufigen sexuellen Interaktionen. Verwandtenselektion, also ein indirekter Fortpflanzungserfolg durch die Unterstützung von Verwandten, spielt dabei bei Bonobos wahrscheinlich keine Rolle, da die Mitglieder der Gemeinschaft oft nicht direkt miteinander verwandt sind. Ein weiterer Aspekt für die Erklärung der Friedlichkeit ist offenbar auch, dass das Nahrungsangebot im Verbreitungsgebiet der Bonobos besonders reichhaltig ist und es somit weniger intraspezifische Konkurrenz gibt. Möglicherweise ist das auch der Grund dafür, dass Bonobos kaum Werkzeuge zur Ernährungsweise gebrauchen. Insgesamt attestieren Untersuchungen Bonobos eine etwas höhere Sozialkompetenz als Schimpansen und gleichzeitig eine leichte Unterlegenheit in körperlichen Fertigkeiten.
Bonobos sind tagaktiv und legen auf der Suche nach Nahrung und Schlafplätzen täglich durchschnittlich zwei bis drei Kilometer zurück. Wenn einzelne Männchen oder Weibchen den Aufbruch einer oder mehrerer Kleingruppen initiieren wollen, suchen sie sich manchmal große Äste, die sie dann lautstark hinter sich herziehen bis sich die anderen Tiere angeschlossen haben. Innerhalb eines Jahres durchstreifen die Mitglieder einer Bonobogemeinschaft ein bis zu 60 Quadratkilometer großes Gebiet. Dabei beträgt die Überlappung der Streifgebiete mehrerer Bonobogemeinschaften zwischen 40 und 66 Prozent. Reviermarkierungen oder Patrouillen gibt es bei Bonobos nicht. Begegnungen zwischen Mitgliedern verschiedener Gemeinschaften verlaufen friedlich.
Bonobos sind sowohl Baum- als auch Bodenbewohner. Einer Untersuchung zur Folge halten sie sich tagsüber etwas mehr als die Hälfte der Zeit am Boden auf. Zum Schlafen bauen sie sich jeden Abend im Kronendach ein neues Nest, wobei sie dafür bestimmte Baumarten bevorzugen. Zum Schutz gegen starken Regen nutzen Bonobos manchmal Schirme und Kopfbedeckungen aus Blättern und anderen Pflanzenteilen.
Insgesamt können Bonobos verschiedener Gemeinschaften und Populationen durchaus signifikante Unterschiede in ihrem Verhalten zeigen, so dass manches Verhalten unter Umständen differenziert betrachtet werden muss. Dies lässt auf eine hohe kognitive Flexibilität und Anpassungsfähigkeit schließen. Außerdem ist zu berücksichtigen, dass der Forschungsstand über Bonobos verglichen mit dem über andere Meschenaffenarten insgesamt noch relativ begrenzt ist.