In den Verbreitungsländern der Schimpansen gibt es ein großes Bevölkerungswachstum, viel Armut, Korruption, oft eine schwache Rechtsdurchsetzung und einen mangelhaften Strafvollzug. Im Jahr 2016 belegten diese Nationen in der Rangliste des "Index der menschlichen Entwicklung", einem Wohlstandsindikator der Vereinten Nationen, einen Platz zwischen den Rängen 109 und 188 von 188. Die größten Bedrohungen für die Schimpansen sind heutzutage Wilderei, Lebensraumverlust und Krankheiten sowie Klimawandel und Mensch-Wildtier-Konflikte. Durch die niedrige Reproduktionsrate, die lange Phase der Abhängigkeit der Jungtiere von ihren Müttern und die späte Geschlechtsreife können Schimpansen wie alle Menschenaffen Bestandsverluste nur langsam ausgleichen.
Die Tiere in den afrikanischen Wäldern gelten in vielen Regionen als eine wichtige Nahrungsquelle für die Bevölkerung vor Ort. Doch seitdem das sogenannte Buschfleisch nicht mehr nur zur Selbstversorgung dient, sondern auch in die Städte transportiert und dort verkauft wird, ist die Jagd nicht mehr nachhaltig. Die Kommerzialisierung des Buschfleischhandels hat mittlerweile dazu geführt, dass es in weiten Teilen der zentral- und westafrikanischen Wälder so gut wie keine großen und mittelgroßen Wirbeltiere mehr gibt. Auf der Suche nach Beute dringen die Jäger deshalb in immer entlegenere Gebiete vor. Dabei sind Rodungskonzessionen, die im letzten Viertel Jahrhundert für einen Großteil der ungeschützten Waldgebiete im Verbreitungsgebiet der Schimpansen vergeben wurden, und Bergbau verstärkende Faktoren für die Buschfleischproblematik.
Zum einen ernähren sich die Arbeiter vor Ort gerne von Buschfleisch und zum anderen werden die bis dahin abgelegenen Lebensräume der Schimpansen von einem Netz aus Straßen durchzogen, die auch Wilderern den Zugang und den Abtransport von Buschfleisch erleichtern. Obwohl Schimpansen unter Schutz stehen, werden auch sie als Buschfleisch gejagt, verkauft und verspeist. Mitunter werden sie direkt bejagt. Wahrscheinlich machen die Wilderer meistens jedoch nicht gezielt Jagd auf Schimpansen, sondern jagen als Opportunisten alles, was zu finden ist. Dabei sind Schimpansen eine Verlockung für die Wilderer, da an ihnen mehr Fleisch dran ist als an den meisten anderen potentiellen Beutetieren. Es kommt aber auch immer wieder zu Unfällen, bei denen sich Schimpansen in den Fallen und Schlingen verfangen, die eigentlich für andere Tiere ausgelegt werden. Sollte es den Schimpansen gelingen, sich aus solch einer Falle oder Schlinge zu befreien, drohen ihnen tödliche Infektionen oder zurückbleibende körperliche Behinderungen wie eine abgetrennte Hand oder ein fehlender Fuß. Bei Marktstudien in Südost-Nigeria in den Jahren 2002 und 2003 wurden in sechs Monaten 240 gewilderte Schimpansen und in der Republik Liberia im Jahr 2015 in einem Monat 74 Kadaver entdeckt.
Der Buschfleischhandel ist jedoch nicht der einzige Grund für die illegale Jagd auf Schimpansen. Ihre Körperteile werden außerdem in der Traditionellen Medizin verwendet. Obwohl auch der Lebendtierhandel verboten ist, gibt es in einigen Regionen zudem einen Schwarzmarkt für lebende Menschenaffen, vor allem für Schimpansen. Sie werden illegal als exotische Haustiere verkauft oder landen in der Unterhaltungsindustrie wie private Zoos, Zirkusse und Freizeitparks. Insbesondere Jungtiere sind Touristenattraktionen und beliebte Accessoires bei Fotosessions. Einer Studie der Organisation GRASP aus dem Jahr 2015 zur Folge sind im Zeitraum zwischen 2005 und 2011 über 1.800 für den Handel gefangene Menschenaffen, darunter mindestens 643 Schimpansen gefunden worden. Dies ist aber nur die Spitze des Eisbergs. Experten gehen davon aus, dass tatsächlich mehr als 22.000 Menschenaffen in diesem Zeitraum in Afrika und Asien und durchschnittlich 2.021 Schimpansen pro Jahr gefangen wurden. Dabei existiert ein komplexes Länder und Kontinente übergreifendes Netz aus Wilderern, Schmugglern und Händlern. Im Zeitraum zwischen 2007 und 2012 sind beispielsweise 130 Schimpansen mit gefälschten Papieren von Guinea nach China exportiert worden. Angeblich sollten die Menschenaffen aus Nachzuchten in menschlicher Obhut stammen. Allerdings gibt es in Guinea keine einzige solche Einrichtung. In den Auffangstationen werden derzeit knapp 1.000 konfiszierte Schimpansen versorgt.
Eine weitere Hauptursache für die Abnahme der Schimpansenbestände stellen Krankheitsepidemien dar. Dabei können Schimpansen zum einen an natürlichen Erregern wie beispielsweise Ebolafieber erkranken. Aber auch vom Menschen übertragene Krankheiten wie Atemwegsinfekte und Darmerkrankungen, die bei Menschen eher harmlos verlaufen, können für Schimpansen tödlich enden. Vor allem das Ebolafieber hat in den letzten Jahren in Zentralafrika vielen Menschenaffen das Leben gekostet. Schätzungen zur Folge sind in manchen Gebieten in Gabun und der Republik Kongo seit den 1990er Jahren bis zu 90 Prozent der Schimpansen- und Gorillabestände durch Ebolafieber umgekommen. Ebolafieber ist hochansteckend und kann innerhalb weniger Wochen oder Monate große Teile der Bestände auslöschen. Bei guten Bedingungen würden die Schimpansen rund 100 Jahre benötigen, um sich von den bisherigen Verlusten zu erholen. Da das Ebolavirus im Verbreitungsgebiet der Schimpansen nach wie vor existiert, kann es jederzeit zu einer erneuten Krankheitsepidemie kommen. Seit einigen Jahren ist auch Milzbrand als eine häufige Todesursache von Schimpansen identifiziert worden. Das Vorrücken in die Naturräume und der zunehmende Kontakt mit Menschen durch die Buschfleischjagd sowie durch Forschung, Tourismus und Auffangstationen erhöht die Gefahr von Krankheitsübertragungen.
Schimpansen kommen ursprünglich in mehr oder weniger entlegenen Naturräumen vor. Doch diese geraten durch die wachsende Bevölkerung ebenso wie durch wirtschaftliche Interessen immer stärker unter Druck. In Kamerun hat sich die Bevölkerungszahl zwischen 1950 und 2010 beispielsweise etwa vervierfacht. Es wird weiter angenommen, dass sie sich bis zum Jahr 2035 gegenüber dem Wert von 2010 noch einmal verdoppelt. Durch Brandrodung werden traditionell landwirtschaftliche Flächen zur Subsistenzwirtschaft gewonnen. So wird im gesamten Verbreitungsgebiet der Schimpansen ihr Lebensraum Stück für Stück in Ackerland umgewandelt. In Westafrika sind auf diese Weise seit Anfang des Jahrtausends mehr als vier Fünftel des Waldes verloren gegangen. Neuerdings rückt Afrika zudem in den Fokus der industriellen Landwirtschaft. Weite Teile des Verbreitungsgebietes der Schimpansen bieten hervorragende Bedingungen für den Anbau von Ölpalmen, Kautschuk, Eukalyptus und Zuckerrohr im großen Stil. Entsprechende Aktivitäten der Agrarindustrie könnten sehr schnell zu massivem Lebensraumverlust für die Schimpansen außerhalb von Schutzgebieten führen.
Weitere Konfliktthemen sind Holzeinschlag, Bergbau und Erdölförderung im Verbreitungsgebiet der Schimpansen. Durch selektive Holzfällung werden beispielsweise wichtige Futterbäume der Schimpansen entnommen und ihre Lebensweise dadurch mitunter stark beeinflusst. Die mit der Industrie einhergehende Infrastruktur führt wiederum unter anderem zur Zerschneidung des Verbreitungsgebietes durch Verkehrswege, Ansiedlungen von Arbeitern, Erleichterung und Zunahme des Buschfleischhandels, einer ansteigenden Gefahr für Krankheitsübertragungen usw. Wenn Gemeinschaften von Schimpansen aus ihren Revieren vertrieben werden und sie gezwungen sind in benachbarte Territorien auszuweichen, löst dies schwere Kämpfe unter den Schimpansen aus, die mit vielen Todesfällen einhergehen.
Die zunehmende Nähe von Menschen und Schimpansen und die Umwandlung von natürlichem Lebensraum in landwirtschaftliche Flächen führen häufig zu sogenannten Mensch-Wildtier-Konflikten. Der Anbau von Kakao, Ölpalmen, Mangos, Ananas und Bananen lockt Schimpansen an, die die Felder und Plantagen immer wieder plündern. Um die Ernte zu schützen, werden Schimpansen manchmal zur Vorsorge getötet, zum Beispiel mit Gift. Es kommt auch zu Rachemorden an Schimpansen, wenn diese beim Diebstahl erwischt wurden. Vor allem in Westafrika nehmen in letzter Zeit Konflikte zwischen Schimpansen und Menschen zu.
Ein weiterer bisher noch wenig einzuschätzender Bedrohungsfaktor ist der Klimawandel. Dabei wird zum Beispiel angenommen, dass die zunehmende Trockenheit mancher Region des Verbreitungsgebietes der Schimpansen zu negativen Veränderungen wie einer geringeren Nahrungsverfügbarkeit, einer zunehmenden Waldbrandgefahr und sogar einem Waldrückgang führen kann.
Der Artenschutz ist seit Jahrzehnten ein großes Thema für den WWF. Schimpansen gehören ebenso wie Gorillas, Bonobos, Orang-Utans, Eisbären, Nashörner, Elefanten, Große Pandas und weitere Arten zu den Flaggschiffarten des WWF. Der WWF ist weltweit in zahlreichen Projekten zum Schutz und zur Erforschung bedrohter Arten aktiv und hat bereits viel erreicht.