Betrachtet man ihn von oben, offenbart der Lake Natron seine ganze Schönheit: seine rote Färbung, die zum Teil sogar noch aus dem Weltraum erkennbar ist. Verursacht wird sie von speziellen Algen, die nur im stark alkalischen Wasser leben. Von ihnen leben wiederum so genannte Salinenkrebschen, die wiederum die Flamingos ernähren, die sie ähnlich wie Bartenwale mit ihren spezialisierten Schnäbeln aus dem Wasser filtern. Die rote Farbe reichert sich in dieser Nahrungskette an und verleiht den Zwergflamingos, die den Natronsee als Brutstätte nutzen, ihre intensiv-rosa Farbe. Der See ist ein Vogelschutz- und Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung gemäß der Ramsar-Konvention und der größte Brutplatz des Zwergflamingos in Ostafrika – hier brüten mehr als 100.000 Tiere; zeitweise – je nach Wasserstand und Salzgehalt anderer Seen – ist der Natronsee sogar das einzige Brutgebiet für Zwergflamingos in ganz Ostafrika
1.040 Quadratkilometer - und damit größer als Berlin - und maximal drei Meter tief ist der See, in ihm sind große Mengen Natriumcarbonat (Soda) gelöst, die aus der Vulkanasche des benachbarten, immer noch aktiven Vulkans Ol Doinyo Lengai stammen. Der pH-Wert des Wassers schwankt je nach Wasserspiegel zwischen pH 9 und pH 10,5. Mit diesem hohen Salzgehalt kommen nicht viele Tiere zurecht – und doch leben hier Buntbarsche, endemische Algenarten, verschiedene hochspezialisierte Wirbellose und Vögel; allen voran die Zwergflamingos.
Die Umgebung des Sees ist für viele Arten Lebensraum und ein wichtiger Wanderkorridor zwischen Serengeti, West Kilimanjaro und Amboseli – hier leben Elefanten, Löwen, Wildhund, Büffel, Giraffen, Zebras und viele andere Wildtiere.