Das Delta entstand im Laufe der Jahrhunderte durch abgelagerten Sand und Kies, die die Strömung aus dem Oberlauf heranträgt. Solange die Sedimentfracht größer war als die natürliche Küstenerosion durch Meeresströmungen, wuchs das Delta.
Inzwischen aber hat die Sedimentfracht des Mekong deutlich abgenommen – vor allem durch den Ausbau der Wasserkraft, aber auch durch den wachsenden Abbau von Sedimenten als Baumaterial. Große Baggerschiffe pumpen den Sand am Flussboden ab, ehe er zur Betonerzeugung in die wachsenden Städte oder zur Landverfüllung im Delta und – illegal – bis nach Singapur transportiert wird.
Das Mekong-Delta sinkt nach derzeitigem Kenntnisstand um etwa einen Zentimeter pro Jahr. Der Sandabbau trägt dazu etwa ebenso viel bei wie der klimabedingte Meeresspiegelanstieg und die Grundwasserübernutzung. Setzt dieser Trend sich fort, könnte das Delta bis 2100 untergegangen sein.