Für viele Watt- und Wasservögel sind Ästuare bedeutende Brut- und Rastgebiete. Für viele Fischarten des Wattenmeeres, wie die Flunder, sind sie die Kinderstube. Sie sind aber auch Laich- und Aufwuchsgebiet typischer Ästuarfische wie Finte und Stint und Wanderweg für Wanderfischarten wie Aal, Neunaugen und früher für den Stör. Aufgrund ihrer hohen Bedeutung für den Schutz der biologischen Vielfalt in Europa, stehen Ästuare unter europäischem Naturschutz.
In Deutschland gibt es vier Ästuare, die Eider, Elbe, Weser und Ems. Sie sind als bevorzugte Siedlungs-, Hafen- und Wirtschaftsstandorte wie kaum ein anderer Teil der Küstenlandschaft besonders stark vom Menschen verändert worden. Der Konflikt zwischen dem Schutz der Natur und den Schutz- und Nutzungsinteressen des Menschen ist hier besonders groß.
