Die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie ist ein Abkommen der Europäischen Union zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wild lebenden Tiere und Pflanzen auf europäischer Ebene. Die seit dem 5. Juni 1992 in Kraft getretene Richtlinie ist die erste umfassende europäische Grundlage im Arten- und Biotopschutz. Angesichts der anhaltenden Bedrohung wildlebender Tier- und Pflanzenarten in der gesamten EU sind grenzübergreifende Maßnahmen zum Erhalt der biologischen Vielfalt dringender denn je.
Um das Ziel der FFH-Richtlinie, „Erhaltung der europäischen biologischen Vielfalt“, zu erreichen, wurde ein europaweites kohärentes ökologisches Schutzgebiets-Netzwerk, „Natura 2000“, aufgebaut. Dieses Netz setzt sich aus den eigentlichen FFH-Gebieten und den Vogelschutzgebieten der Vogelschutzrichtlinie zusammen.
Bei der Ausweisung von FFH-Schutzgebieten spielen die Anhänge der FFH-Richtlinie eine wesentliche Rolle. Sie werden nach Kriterien von Lebensraumtypen und einzelnen bedrohten Arten ausgewiesen. Die Kriterien sind in sechs Anhängen festgelegt:
Gebietsschutz, Netzwerk „Natura 2000“:
Anhang I: natürliche Lebensräume, für deren Erhaltung besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden müssen (Listung von Lebensraumtypen).
Anhang II: Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse, für deren Erhaltung besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden müssen (Gebietsschutz für Lebensräume bestimmter Arten). (in Deutschland: 134 Arten, Stand: 2004)
Anhang III: Kriterien zur Auswahl der Gebiete, die als Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung bestimmt und als besondere Schutzgebiete ausgewiesen werden könnten.
Artenschutz i.e.S.:
Anhang IV: Streng zu schützende Tier- und Pflanzenarten (Artenschutzregelungen und Ausnahmeregelungen). (in Deutschland: 129 Arten, Stand: 2004)
Anhang V: Tier- und Pflanzenarten, deren Entnahme aus der Natur und Nutzung zu Verwaltungsmaßnahmen führen könnten (Managementplan nutzbarer Arten). (in Deutschland: 86 Arten, Stand: 2004)
Anhang VI: Verbotene Methoden und Mittel des Fangs, der Tötung und Beförderung.
Die einzelnen europäischen Mitgliedstaaten reichen bei der Europäischen Kommission Vorschläge für Flächen ein, die die Voraussetzungen für ein FFH-Gebiet erfüllen und europaweit zu einem geschlossenen System an Naturschutzflächen und damit dem Austausch und Erhalt biologischer Vielfalt beitragen. In einem zweiten Schritt bewertet die Europäische Kommission die vorgeschlagenen Flächen. Werden diese akzeptiert, müssen die EU-Mitgliedstaaten innerhalb von sechs Jahren die Gebiete mittels nationaler Gesetzgebung unter Schutz stellen. In den ausgewiesenen Schutzgebieten gilt generell, dass sich der Zustand des Gebietes unter naturschutzfachlichen Gesichtspunkten nicht verschlechtern darf. In einzelnen Fällen sollen Flächen auch renaturiert und wiederhergestellt werden. Sehr häufig werden Landschaftspflegemaßnahmen entwickelt, die zur Erhaltung einzelner FFH-Gebiete notwendig sind. Finanzielle Zuschüsse an Landwirte sind dabei möglich.
In Deutschland wurden bis 2005 – nach einem umfangreichen Nachmeldeprozess – 4.596 FFH-Gebiete an die EU gemeldet. Diese Areale haben eine Fläche von etwa 3,3 Millionen Hektar und entsprechen somit 9,3 Prozent der Landesfläche. Insgesamt umfasst das „Natura 2000“-Netz, bestehend aus Gebieten nach FFH- und Vogelschutzrichtlinie, derzeit etwa 13,5 Prozent der terrestrischen Fläche Deutschlands und 41 Prozent der marinen Fläche.
Verpflichtend nach der FFH-Richtlinie ist auch die Durchführung eines regelmäßigen Monitorings der Arten und Lebensraumtypen in den FFH-Gebieten. Zudem müssen die EU-Staaten in einem sechsjährigen Turnus die Ergebnisse des Monitorings an die EU-Kommission melden. Neben Angaben zu den im Rahmen der FFH-Richtlinie durchgeführten Erhaltungsmaßnahmen, sollen die Berichte die Auswirkungen der in den "Natura 2000"-Gebieten durchgeführten Maßnahmen auf den Erhaltungszustand der Lebensraumtypen und Arten aufführen.