Rund zehn Prozent des gesamten Kongo-Beckens (20 Millionen Hektar) stehen inzwischen offiziell unter Schutz, weitere 15 Millionen Hektar sollen in Zusammenarbeit mit vielen Partnern folgen. Gemeinsam mit den Regierungen der Kongobeckenländer konnte z.B. Dzanga-Sangha im Süden der Zentralafrikanischen Republik (ZAR), das Ngiri-Urwaldgebiet oder das Tumba-Ledjima-Gebiet in der DR Kongo geschützt werden.
Bereits seit Mitte der 1990er Jahre unterstützt der WWF Deutschland die Ausweisung und das Management von Schutzgebieten in Kamerun (Lobeke-Nationalpark) und in der Zentralafrikanischen Republik (Dzanga-Sangha), der Heimat von Waldelefanten und Flachlandgorillas und damit wesentliche Teile dieses modellhaften, trinationalen Schutzgebietskomplexes. In Kamerun, der Demokratischen Republik Kongo und Gabun unterstützt der WWF Holzfirmen bei der Einführung nachhaltiger Bewirtschaftungsmethoden und der FSC-Zertifizierung. Im Jahr 2007 wurden die ersten 3.150 Quadratkilometer zertifiziert. Heute werden rund 5,2 Millionen Hektar nach FSC-Regeln nachhaltig bewirtschaftet, weitere 1 Million Hektar werden bereits schrittweise umgestellt.
Im gesamten Kongobecken setzt sich der WWF außerdem für den Aufbau eines dauerhaften Systems der Naturschutzfinanzierung ein: Durch Einnahmen aus dem Ökotourismus und anderen Umweltdienstleistungen, Re-Investitionen des Staates von Steuermitteln aus der Holzwirtschaft in den Naturschutz sowie durch den Aufbau von Umweltfonds soll zukünftig ein repräsentatives Schutzgebietsnetz finanziert werden.
So halfen drei erfolgreiche Kampagnen des Krombacher-Regenwald-Projektes 2002 bis 2008 mit, die dauerhafte Finanzierung des Schutzgebietes sicherzustellen. Mit Unterstützung von Krombacher wurde 2003 die Regenwaldstiftung eingerichtet, aus dessen Erträgen der WWF langfristig die Überwachung des über 1.200 Quadratkilometer großen Nationalparks Dzanga-Ndoki in der ZAR sicherstellt und die naturnahe Entwicklung der ganzen Region Dzanga-Sangha vorantreiben kann.
Für das länderübergreifende Sangha-Schutzgebiet wurde 2007 der TNS Umweltfonds eingerichtet, der in Zukunft die langfristige Finanzierung des Schutzgebietsmanagements sicherstellen soll. Angeregt durch die Gründung der Regenwaldstiftung haben sich die deutsche und französische Regierung bereit erklärt, Kapital zur Verfügung zu stellen. So ist der Grundstein für die Bewahrung des Regenwaldes in dieser Region für kommende Generationen gelegt. Zahlreiche weitere Projekte – wie im Ngiri-Schutzgebiet – wurden mit Unterstützung des BMU über die internationalen Klimainitiative (IKI) und der KfW, sowie dem BMZ ins Leben gerufen.
